Игра построена вокруг идеи создания различных фигур с помощью шариков Гуу. Игра состоит из 4 глав и эпилога, каждая из которых содержит несколько уровней. Каждый уровень имеет собственные графические и музыкальные темы, которые придают ему неповторимую атмосферу.
Существует также бонусный уровень под названием World of Goo Corporation, где цель заключается в том, чтобы строить высокие башни с помощью лишних шариков Гуу, которые игрок собрал в ходе прохождения игры. Игроки со всего мира могут соревноваться в высоте башен благодаря тому, что высота башни загружается на специальный сервер. Однако, следует отметить, что на сервер загружаются лишь данные о высоте башни, количестве использованных шариков, имени игрока и его страны. Вид самой башни не сохраняется. Башня каждого игрока представлена в виде одного облачка.
Если учесть бонусный World of Goo Corporation, то игра содержит 48 уровней.
Основная цель игры состоит в том, чтобы привести необходимое количество шариков Goo до трубы, которая является выходом. Для того чтобы сделать это, игрок должен использовать шарики Гуу для строительства мостов, башен и других сооружений на преодоление гравитации в различных местах, таких как подземелья, холмы, пропасти или скалы. Все шарики, которые игрок собрал сверх необходимых на данном уровне, отправляются в World of Goo Corporation.
