Повествование ведётся от лица капитана армии США Мартина Уолкера, которого отправляют в город Дубай. Из-за мощных песчаных бурь, он стал непригодным для жизни. Из-за этого всех жителей города быстро эвакуировали. Отныне Дубай стал родным домом для мародеров и бандитов.
Где-то в окрестностях города находится полковник Джон Конрад, основатель спецотряда «Дельта». Во время эвакуации людей он не подчинился приказу командования и вместо того, чтобы вернуться в Америку, остался в Дубае. С тех самых пор от него не пришло ни одной радиограммы. Внезапно от отряда Конрада поступает слабый сигнал. Армейские чины посылают отряд солдат с целью разузнать, что же случилось с Конрадом.

Особенность Spec Ops: The Line — песок, который покрывает разрушенные здания Дубаи. Погода в городе меняется очень часто, так что игроку придется постоянно подстраиваться под погоду. Например, песчаную бурю можно использовать в качестве прикрытия для наступления или наоборот — засады. В мультиплеере бури и деформация песчаного покрова тоже будут играть важную роль.
2K Games подтвердили информацию что Spec Ops: The Line будет иметь кооперативный режим. Сейчас известно что кооператива не будет.Зато есть полноценный мультиплеер.
В связи с тем, что в игре рассказывается будущее Дубая после катастрофического бедствия, игра может подвергнуться цензуре и запрету на территории ОАЭ.